Genômica

Horário de atendimento:

Segunda-feira a Sexta-feira - 09h às 16:30.

Contato: (21) 3865-8121 e através do email: rpt01d@ioc.fiocruz.br ou plataformasgenomicafiocruz@gmail.com

Procedimento para entrega de amostras:

As amostras serão aceitas somente em placa (Applied Biosystems- PN.:N8010560-cx c/10placas ou similar) e devem estar acompanhadas do formulário Protocolo de Entrada de Material preenchido.

As amostras, previamente amplificadas, deverão ser entregues com as seguintes diluições: 1:1; 1:5; 1:10; 1:20; 1:30; 1:60; 1:80; 1:100. Estas diluições serão feitas para padronização, ou seja, estas deverão ser enviadas apenas na primeira vez em que se utilizar a Plataforma. As diluições só podem ser feitas com H2O milli-q.

No caso do serviço: Análise de Fragmentos, deve-se informar qual o SIZE STANDARD a ser utilizado nas amostras.

Exemplo: GeneScan 120LIZ, GeneScan 350LIZ, GeneScan 500LIZ, GeneScan 600LIZ, GeneScan 1200LIZ, GeneScan 500ROX e qual técnica será empregada para leitura no equipamento 3130xl Genetic Analyser (verificaremos protocolo).

Horário de atendimento:

Segunda-feira a Sexta-feira - 09h às 16:30.

Contato: (21) 3865-8121 e através do email: rpt01d@ioc.fiocruz.br ou plataformasgenomicafiocruz@gmail.com

Procedimento para entrega de amostras:

As amostras somente serão aceitas em placa (Applied Biosystems- PN.:N8010560-cx c/10placas ou similar) e devem estar acompanhadas do formulário Protocolo de Entrada de Material preenchido.

As amostras, previamente amplificadas com seu respectivo primer marcado, deverão ser entregues com as seguintes diluições: 1:1; 1:5; 1:10; 1:20; 1:30; 1:60; 1:80; 1:100. Estas diluições serão feitas para padronização, ou seja, estas deverão ser enviadas apenas na primeira vez em que se utilizar a Plataforma. As diluições só podem ser feitas com H2O milli-q.

No caso do serviço: Análise de Fragmentos Leitura - P01-006B, deve-se informar qual o SIZE STANDARD utilizado nas amostras. Exemplo: GeneScan 120LIZ, GeneScan 350LIZ, GeneScan 500LIZ, GeneScan 600LIZ, GeneScan 1200LIZ, GeneScan 500ROX e qual técnica será empregada para leitura no equipamento 3130xl Genetic Analyser (verificaremos protocolo)..

Horário de atendimento e dúvidas:

Segunda-feira a Sexta-feira - 09h às 16:30.

Contato: (21) 3865-8121 e através do email: rpt01d@ioc.fiocruz.br ou plataformasgenomicafiocruz@gmail.com

O método adotado para autenticação das linhagens celulares é baseado na análise dos tamanhos de fragmentos obtidos através da eletroforese capilar (Sequenciador ABI 3130 Genetic Analyzer - Applied Biosystems). A técnica consiste na caracterização de fragmentos amplificados por PCR. Os primers usados na reação são marcados com fluorescência e a identificação dos fragmentos é feita por comparação com um marcador conhecido. Utilizamos o Kit comercial GenePrint 10 da Promega® que permite a co-amplificação de 10 marcadores humanos (TH01, TPOX,vWA, Amelogenin, CSF1PO, D16S539,D7S820, D13S317, D5S818 e D21S11). A metodologia e análise segue o padrão (ASN-0002) determinado pela ATCC (American Tissue Culture Collection) e o resultado é comparado com amostras padrão de banco de dados públicos (DSMZ, ATCC, JCRB e RIKEN).

Quantificar ácidos nucleicos e proteínas.

Serviço de sequenciamentp em plataforma NovaSeq 6000 (procedimento de desnaturação e operação do sequenciador). A solicitação à plataforma dos serviços de avalição e garantia da qualidade da biblioteca pelos procedimentos de sequenciamento em plataforma MiSeq, quantificação da biblioteca em fluorímetro Qubit e análise de fragmentos em Bioanalyzer será opcional ao cliente. Caso o cliente não solicite os serviços de avaliação de garantia de qualidade este deve enviar obrigatóriamente os resultados de quantificação e analise de fragmentos. Todos os insumos serão custeados pelo cliente para este serviço. AS AMOSTRAS E INSUMOS DEVEM SER ENTREGUES EM HORÁRIO COMERCIAL (8h as 12h; 13h as 17h).

Preparo e entrega das amostras: 

Para a entrega de material é necessário atender aos seguintes critérios:  

1. Entrega de amostras para realização da etapa de precipitação em tubos (preferencialmente até 30 tubos. Acima dessa quantidade, se possível, entregar as amostras em placa, conforme descrito abaixo) - as amostras com a reação de sequenciamento (ciclagem) já realizadas devem ser entregues em  microtubos de 1,5mL (-20°C).  Volume final de 10 µl. 

• No microtubo (1,5mL) deve estar descrito o Número de fatura (#0000) e o  número da amostra (ambos na tampa). 

• O formulário de nível 01 deve ser entregue junto com os tubos em duas vias (em anexo). 

2. Entrega de amostras para realização da etapa de precipitação em placas (Placa de 0,2ml) - as amostras devem ser entregues em placa onde deve constar o número da fatura, o nome da placa e  a data de entrega (na lateral da placa).  Volume final de 10 µl. 

• As reações devem conter o DNA purificado, o primer na concentração de  3,2pmols/reação e a água milliq (se necessário), acresido de BigDye V3.1 e buffer 5x, com ciclagem realizada (programa de ciclagem- ver protocolo), com o volume final  de 10µl.  

• O formulário de nível 02 deve ser entregue junto com a placa em duas vias (em anexo). 

3. Os formulários devem ser entregues em duas vias para que possam ser assinados e  datados. Uma via ficará com o usuário como controle de entrega do material.

4. As amostras enviadas pela transportadora/malote devem seguir as mesmas regras de  preparo supracitadas (tanto para tubos quanto para placas) e o envio deverá ser  informado à equipe da Plataforma com o código de rastreio do material e a data de  envio das amostras por e-mail (plataformasgenomicafiocruz@gmail.com e rpt01a@ioc.fiocruz.br) para acompanhamento da postagem.  

Endereço para envio de material: 

Plataforma de Sequenciamento de DNA - Eletroforese de Capilar - RPT01A 

Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Oswaldo Cruz - LAGFB  

Endereço: Av. Brasil - N° 4.365 - Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ. 

Complemento: Pavilhão Leônidas Deane (Pavilhão 026) - sala 110 

Cep: 21040-900  

Para que problemas no recebimento do material sejam evitados, pedimos que o envio  seja realizado preferencialmente às 2as e 3as feiras para que chegue na mesma  semana e a tempo de recebermos sem problemas.  

Horário de recebimento de amostras: segunda a sexta de 10:00 às 11:30h. 

Não serão recebidas amostras fora do horário de entrega. 

O prazo para entrega do resultado é 15 dias úteis e os mesmos serão liberados através do Site  https://plataformas.fiocruz.br/. 

Telefone: 21 3865- 8121

Preparo e entrega das amostras: 

Para a entrega de material é necessário atender aos seguintes critérios:  

1. Entrega de amostras para realização da etapa de Leitura de reações em tubos ou placas prontas (preferencialmente até 30 tubos. Acima dessa quantidade, se possível, entregar as amostras em placa, conforme descrito abaixo) - as amostras com a reação de sequenciamento (ciclagem) e precipitação já realizadas devem ser entregues em  microtubos de 1,5mL (-20°C). A ressuspensão deve ser realizada com 10ul de formamida Hi-Di ou X- terminator.

• No microtubo (1,5mL) deve estar descrito o Número de fatura (#0000) e o  número da amostra (ambos na tampa). 

• O formulário de nível 01 deve ser entregue junto com os tubos em duas vias (em anexo). 

2. Entrega de amostras para realização da etapa de Leitura de reações em tubos ou placas prontas (Placas 0,2ml)  - as amostras devem ser entregues em placa onde deve constar o número da fatura, o nome da placa e  a data de entrega (na lateral da placa).  A ressuspensão deve ser realizada com 10ul de formamida Hi-Di ou X- terminator.

• As reações devem conter o DNA purificado, o primer na concentração de  3,2pmols/reação e a água milliq (se necessário), acresido de BigDye V3.1 e buffer 5x, com ciclagem realizada (programa de ciclagem- ver protocolo), com o volume final  de 10µl.  

• O formulário de nível 02 deve ser entregue junto com a placa em duas vias (em anexo). 

3. Os formulários devem ser entregues em duas vias para que possam ser assinados e  datados. Uma via ficará com o usuário como controle de entrega do material.

4. As amostras enviadas pela transportadora/malote devem seguir as mesmas regras de  preparo supracitadas (tanto para tubos quanto para placas) e o envio deverá ser  informado à equipe da Plataforma com o código de rastreio do material e a data de  envio das amostras por e-mail (plataformasgenomicafiocruz@gmail.com e rpt01a@ioc.fiocruz.br) para acompanhamento da postagem.  

Endereço para envio de material: 

Plataforma de Sequenciamento de DNA - Eletroforese de Capilar - RPT01A 

Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Oswaldo Cruz - LAGFB  

Endereço: Av. Brasil - N° 4.365 - Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ. 

Complemento: Pavilhão Leônidas Deane (Pavilhão 026) - sala 110 

Cep: 21040-900  

Para que problemas no recebimento do material sejam evitados, pedimos que o envio  seja realizado preferencialmente às 2as e 3as feiras para que chegue na mesma  semana e a tempo de recebermos sem problemas.  

Horário de recebimento de amostras: segunda a sexta de 10:00 às 11:30h. 

Não serão recebidas amostras fora do horário de entrega. 

O prazo para entrega do resultado é 15 dias úteis e os mesmos serão liberados através do Site  https://plataformas.fiocruz.br/. 

Telefone: 21 3865- 8121

Preparo e entrega das amostras: 

Para a entrega de material é necessário atender aos seguintes critérios:  

1. Entrega de amostras para realização da etapa de ressuspensão em formamida e leitura de amostras em tubos (preferencialmente até 30 tubos. Acima dessa quantidade, se possível, entregar as amostras em placa, conforme descrito abaixo) - as amostras com a reação de sequenciamento (ciclagem) e precipitação já realizadas devem ser entregues em  microtubos de 1,5mL (-20°C). A ressuspensão deve ser realizada com 10ul de formamida Hi-Di.

• No microtubo (1,5mL) deve estar descrito o Número de fatura (#0000) e o  número da amostra (ambos na tampa). 

• O formulário de nível 01 deve ser entregue junto com os tubos em duas vias (em anexo). 

2. Entrega de amostras para realização da etapa de ressuspensão em formamida e leitura de amostras em placa (Placa de 0,2ml) - as amostras devem ser entregues em placa onde deve constar o número da fatura, o nome da placa e  a data de entrega (na lateral da placa).  A ressuspensão deve ser realizada com 10ul de formamida Hi-Di.

• As reações devem conter o DNA purificado, o primer na concentração de  3,2pmols/reação e a água milliq (se necessário), acresido de BigDye V3.1 e buffer 5x, com ciclagem realizada (programa de ciclagem- ver protocolo), com o volume final  de 10µl.  

• O formulário de nível 02 deve ser entregue junto com a placa em duas vias (em anexo). 

3. Os formulários devem ser entregues em duas vias para que possam ser assinados e  datados. Uma via ficará com o usuário como controle de entrega do material.

4. As amostras enviadas pela transportadora/malote devem seguir as mesmas regras de  preparo supracitadas (tanto para tubos quanto para placas) e o envio deverá ser  informado à equipe da Plataforma com o código de rastreio do material e a data de  envio das amostras por e-mail (plataformasgenomicafiocruz@gmail.com e rpt01a@ioc.fiocruz.br) para acompanhamento da postagem.  

Endereço para envio de material: 

Plataforma de Sequenciamento de DNA - Eletroforese de Capilar - RPT01A 

Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Oswaldo Cruz - LAGFB  

Endereço: Av. Brasil - N° 4.365 - Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ. 

Complemento: Pavilhão Leônidas Deane (Pavilhão 026) - sala 110 

Cep: 21040-900  

Para que problemas no recebimento do material sejam evitados, pedimos que o envio  seja realizado preferencialmente às 2as e 3as feiras para que chegue na mesma  semana e a tempo de recebermos sem problemas.  

Horário de recebimento de amostras: segunda a sexta de 10:00 às 11:30h. 

Não serão recebidas amostras fora do horário de entrega. 

O prazo para entrega do resultado é 15 dias úteis e os mesmos serão liberados através do Site  https://plataformas.fiocruz.br/. 

Telefone: 21 3865- 8121

Preparo e entrega das amostras: 

Para a entrega de material é necessário atender aos seguintes critérios:  

1. Entrega de amostras para realização de reação de sequenciamento em tubos (preferencialmente até 30 tubos. Acima dessa quantidade, se possível, entregar as amostras em placa, conforme descrito abaixo) - as amostras de DNA (produtos de  PCR purificados ou material proveniente de clonagem) devem ser entregues em  microtubos de 1,5mL (-20°C). As reações devem conter o DNA purificado, o primer na  concentração de 3,2 pmols/reação e a água milliq, se necessário, para completar o  volume final de 7,5 µl. 

• No microtubo (1,5mL) deve estar descrito o Número de fatura (#0000) e o  número da amostra (ambos na tampa). 

• O formulário de nível 01 deve ser entregue junto com os tubos em duas vias (em anexo). 

2. Entrega de amostras para realização de reação de sequenciamento em placas (Placa de 0,2ml) - as amostras devem ser entregues em placa onde deve constar o número da fatura, o nome da placa e  a data de entrega (na lateral da placa).  

• As reações devem conter o DNA purificado, o primer na concentração de  3,2pmols/reação e a água milliq, se necessário, para completar o volume final  de 7,5 µl.  

• O formulário de nível 02 deve ser entregue junto com a placa em duas vias (em anexo). 

3. Os formulários devem ser entregues em duas vias para que possam ser assinados e  datados. Uma via ficará com o usuário como controle de entrega do material.

4. As amostras enviadas pela transportadora/malote devem seguir as mesmas regras de  preparo supracitadas (tanto para tubos quanto para placas) e o envio deverá ser  informado à equipe da Plataforma com o código de rastreio do material e a data de  envio das amostras por e-mail (plataformasgenomicafiocruz@gmail.com e rpt01a@ioc.fiocruz.br) para acompanhamento da postagem.  

Endereço para envio de material: 

Plataforma de Sequenciamento de DNA - Eletroforese de Capilar - RPT01A 

Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Oswaldo Cruz - LAGFB  

Endereço: Av. Brasil - N° 4.365 - Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ. 

Complemento: Pavilhão Leônidas Deane (Pavilhão 026) - sala 110 

Cep: 21040-900  

Para que problemas no recebimento do material sejam evitados, pedimos que o envio  seja realizado preferencialmente às 2as e 3as feiras para que chegue na mesma  semana e a tempo de recebermos sem problemas.  

Horário de recebimento de amostras: segunda a sexta de 10:00 às 11:30h. 

Não serão recebidas amostras fora do horário de entrega. 

O prazo para entrega do resultado é 15 dias úteis e os mesmos serão liberados através do Site  https://plataformas.fiocruz.br/. 

Telefone: 21 3865- 8121

Para esse serviço é necessário o agendamento prévio.

Por gentileza, entrar em contato atraves dos e-mails plataformasgenomicafiocruz@gmail.com / rpt01a@ioc.fiocruz.br ou pelo telefone: (21) 3865-8121.

Horário de atendimento:

Segunda-feira - 10:00 às 11:30h;

Terça-feira – 11:00 às 12:00h;

e de Quarta a Sexta-feira - 10 às 11:30h

Contato: 21 3865-8121 e através do email: rpt01a@ioc.fiocruz.br

Vide documento de Condições para Aceitação das Amostras

Ver documento de "Condições para aceitação das Amostras".

Ler o documento "Condições para aceitação de amostras para Análise de Fragmentos"

O sequenciamento será realizado com DNA na concentração adequada de acordo com o tamanho do fragmento e com primers na concentração de 3.2 pmol/uL.

Primer universais disponibilizados pela plataforma: M13F, M13R, T7F, T7T, pGEX6979, pGEX6980

O treinamento será ofertado no Núcleo de Plataformas Tecnológicas (Fiocruz- PE) com duração de 4 períodos (2 dias). O requisitante será capacitado para realizar a preparação da reação de sequenciamento, amplificação dos fragmentos em termociclador,  purificação, ressuspensão e aplicação das amostras no sequenciador de DNA ABI 3500xL.

Todas as amostras PRECISAM estar na concentração informada pela plataforma e a reação de sequeciamento feita com o Kit BigDye.

As amostras DEVEM ser entregues em tubos de 0,2 mL ou em placa de modelo específico. 

Os produtos de PCR precisam ser purificados ANTES da reação de sequenciamento.

Para entregas via transportadora, enviar amostras e primers em tubos separados, acompanhados do mapa de distribuição. 

Qualquer dúvida, entrar em contato pelos e-mails:

renata.ramos@fiocruz.br

ou pelo telefone (31) 3349-7870. 

Todas as amostras PRECISAM estar na concentração informada pela plataforma, com a reação de sequeciamento feita com o Kit BigDye, precipitadas e ressuspendidas 10uL de Formamida HI-DI.

As amostras DEVEM ser entregues em tubos de 0,2 mL ou em placa de modelo específico. 

Os produtos de PCR precisam ser purificados ANTES da reação de sequenciamento.

Para entregas via transportadora, enviar amostras e primers em tubos separados, acompanhados do mapa de distribuição. 

Qualquer dúvida, entrar em contato pelos e-mails:

renata.ramos@fiocruz.br

ou pelo telefone (31) 3349-7870. 

Todas as amostras PRECISAM estar na concentração informada pela plataforma, com a reação de sequeciamento feita com o Kit BigDye e precipitadas.

As amostras DEVEM ser entregues em tubos de 0,2 mL ou em placa de modelo específico. 

Os produtos de PCR precisam ser purificados ANTES da reação de sequenciamento.

Para entregas via transportadora, enviar amostras e primers em tubos separados, acompanhados do mapa de distribuição. 

Qualquer dúvida, entrar em contato pelos e-mails:

renata.ramos@fiocruz.br

ou pelo telefone (31) 3349-7870. 

As amostras DEVEM ser entregues em tubos de 0,2 mL ou em placa de modelo específico. 

Para as amostras entregues via transportadora, enviar as amostras e o Kit separdo.

Qualquer dúvida, entrar em contato pelos e-mails:

renata.ramos@fiocruz.br

ou pelo telefone (31) 3349-7870. 

As amostras DEVEM ser entregues em tubos de 0,2 mL ou em placa de modelo específico. 

Qualquer dúvida, entrar em contato pelos e-mails:

renata.ramos@fiocruz.br

ou pelo telefone (31) 3349-7870. 

Horário de atendimento:

De Segunda-feira até Quinta-feira - 10:00 às 15:00h;

Contato: genomica.rpt01h@fiocruz.br

1. Ressuspensão em Formamida HiDi nova ou com no máximo 2 ciclos de congelamento.

2. A precipitação deverá seguir os modelos padronizados do manual BigDyeTM Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit USER GUIDE - Publication Number 4337035 revision D, pagina 19 - Purify the sequencing reactions with ethanol/EDTA precipitation.

3. Placa do tipo Meia borda de 96 poços de 0,2mL ou 0,1mL.

Horário de atendimento:

De Segunda-feira até Quinta-feira - 10:00 às 15:00h;

Contato: genomica.rpt01h@fiocruz.br

Usuário nível 1

De acordo com as instruções da RPT01H, as 16 amostras deverão ser entregues em microtubos de 1,5mL identificadas de 1 a 16 em alíquotas quantificadas por espectrofotometro e não retornáveis.

Os iniciadores deverão ser entregues em microtubos de 1,5mL identificados de acordo com o nome do iniciador e separados por sentido da fita. No volume de 30uL a 10uM.

Horário de atendimento:

De Segunda-feira até Quinta-feira - 10:00 às 15:00h;

Contato: genomica.rpt01h@fiocruz.br

Horário de atendimento:

De Segunda-feira até Quinta-feira - 10:00 às 15:00h;

Contato: genomica.rpt01h@fiocruz.br

1. Placa do tipo Meia borda de 96 poços de 0,2mL ou 0,1mL.

Horário de atendimento:

De Segunda-feira até Quinta-feira - 10:00 às 15:00h;

Contato: genomica.rpt01h@fiocruz.br

1. A precipitação deverá seguir os modelos padronizados do manual BigDyeTM Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit USER GUIDE - Publication Number 4337035 revision D, pagina 19 - Purify the sequencing reactions with ethanol/EDTA precipitation.

2. Placa do tipo Meia borda de 96 poços de 0,2mL ou 0,1mL.

Horário de atendimento:

De Segunda-feira até Quinta-feira - 10:00 às 15:00h;

Contato: genomica.rpt01h@fiocruz.br

Reação completa de templates purificados (reação de Sanger, precipitação, ressuspensão e leitura de placa). Sequenciamento: O usuário deve entregar as bibliotecas amplificadaspurificadas preferenciamente com kits de purificação,  e quantificadas, com seus devidos iniciadores na concentração correta e em tubos separados, para que seja realizado o serviço de preparo de mix e aplicação das amostras no equipamento pela plataforma.

Será realizada a leitura das reações no seq studio para que seja realizada a eletroforese capilar.
A reação de sequenciamento e purificação da reação já devem ter sido realizadas pelo laboratório solicitante do serviço.
A quantidade de reações deve ser mútipla de 4.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit Nextera DNA Flex envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de 500ng;

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas grandes e complexos é de 1ug;

- A integridade do gDNA deve ser registrada através de gel de agarose e encaminhada para avaliação.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit TruSeq Stranded mRNA envolve a quantificação das amostras de RNA (Qubit), qualificação das amostras de RNA (Bioanalyzer 1000), preparação das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e a junção das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de RNA Total necessária para a preparação das bibliotecas é de 3ug;

- No caso de iniciar a preparação das bibliotecas utilizando mRNA, o mesmo deverá ser obtido a partir de 1 a 4 ug de RNA Total.

- O RNA deve estar íntegro apresentando um valor de integridade > 8 (RIN Bioanalyzer);

- O fracionamento do RNA no Bioanalyzer faz parte do processo de avaliação de qualidade incluído no serviço.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit TruSeq Stranded Total RNA envolve a quantificação das amostras de RNA (Qubit), qualificação das amostras de RNA (Bioanalyzer 1000), depleção do rRNA, preparação das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e a junção das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de RNA Total necessária para a preparação das bibliotecas é de 3ug;

- O RNA deve estar íntegro apresentando um valor de integridade > 8 (RIN Bioanalyzer);

- O fracionamento do RNA no Bioanalyzer faz parte do processo de avaliação de qualidade incluído no serviço.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit TruSeq RNA envolve a quantificação das amostras de RNA (Qubit), qualificação das amostras de RNA (Bioanalyzer 1000), preparação das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e a junção das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

Este kit permite a que o rRNA seja depletado utilizando um kit de depleção de RNA ribossomal ou enriquecimento para polyA.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de RNA Total necessária para a preparação das bibliotecas é de 3 ug;

- No caso de iniciar a preparação das bibliotecas utilizando mRNA, o mesmo deverá ser obtido a partir de 1 a 4 ug de RNA Total.

- O RNA deve estar íntegro apresentando um valor de integridade > 8 (RIN Bioanalyzer);

- O fracionamento do RNA no Bioanalyzer faz parte do processo de avaliação de qualidade incluído no serviço.

Corrida NextSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 75 bp.

As bibliotecas devem ser encaminhadas prontas para serem sequenciadas.

Será realizada a quantificação (Qubit) do pool de bibliotecas que será sequenciado.

Corrida NextSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 150 bp.

As bibliotecas devem ser encaminhadas prontas para serem sequenciadas.

Será realizada a quantificação (Qubit) do pool de bibliotecas que será sequenciado.

Corrida NextSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Reads 1 x 75 bp.

As bibliotecas devem ser encaminhadas prontas para serem sequenciadas.

Será realizada a quantificação (Qubit) do pool de bibliotecas que será sequenciado.

Corrida NextSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 75 bp.

As bibliotecas devem ser encaminhadas prontas para serem sequenciadas.

Será realizada a quantificação (Qubit) do pool de bibliotecas que será sequenciado.

Corrida NextSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 150 bp.

As bibliotecas devem ser encaminhadas prontas para serem sequenciadas.

Será realizada a quantificação (Qubit) do pool de bibliotecas que será sequenciado.

O RNA total ou mRNA deverão estar na concentração aproximada de 10ng/ul.

Cada chip tem a capacidade máxima de 11 amostras.

Caso o número de amostras seja menor que a capacidade do kit e o usuário não puder esperar outras amostras para completar o chip, será cobrado o valor integral do chip (11 amostras).

O equipamento tem capacidade de leitura de 1 amostra por vez.

Serão necessários 3,0 ul de amostra para a quantificação.

A leitura dos padrões será realizada por blocos de amostras a serem quantificadas.

A biblioteca de DNA ou RNA deverá estar na concentração aproximada de 30ng/ul.

Cada chip tem a capacidade máxima de 12 amostras.

Caso o número de amostras seja menor que a capacidade do kit e o usuário não puder esperar outras amostras para completar o chip, será cobrado o valor integral do chip (12 amostras).

A biblioteca de DNA ou RNA deverá estar na concentração aproximada de 5ng/ul.

Cada chip tem a capacidade máxima de 11 amostras.

Caso o número de amostras seja menor que a capacidade do kit e o usuário não puder esperar outras amostras para completar o chip, será cobrado o valor integral do chip (11 amostras).

O usuário deve entregar o produto amplificado com iniciadores espeíficos para a região de interesse acoplados à sequência do adaptador Illumina como descrito abaixo:

Forward overhang: 5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG?[locusspecific sequence]

Reverse overhang: 5’ GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG?[locusspecific sequence]

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit TruSeq Stranded mRNA envolve a quantificação das amostras de RNA (Qubit), qualificação das amostras de RNA (Bioanalyzer 1000), preparação das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e a junção das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de RNA Total necessária para a preparação das bibliotecas é de 3ug;

- No caso de iniciar a preparação das bibliotecas utilizando mRNA, o mesmo deverá ser obtido a partir de 1 a 4 ug de RNA Total.

- O RNA deve estar íntegro apresentando um valor de integridade > 8 (RIN Bioanalyzer);

- O fracionamento do RNA no Bioanalyzer faz parte do processo de avaliação de qualidade incluído no serviço.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit TruSeq Stranded Total RNA envolve a quantificação das amostras de RNA (Qubit), qualificação das amostras de RNA (Bioanalyzer 1000), depleção do rRNA, preparação das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e a junção das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de RNA Total necessária para a preparação das bibliotecas é de 3ug;

- O RNA deve estar íntegro apresentando um valor de integridade > 8 (RIN Bioanalyzer);

- O fracionamento do RNA no Bioanalyzer faz parte do processo de avaliação de qualidade incluído no serviço.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit TruSeq RNA envolve a quantificação das amostras de RNA (Qubit), qualificação das amostras de RNA (Bioanalyzer 1000), preparação das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e a junção das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

Este kit permite a que o rRNA seja depletado utilizando um kit de depleção de RNA ribossomal ou enriquecimento para polyA.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de RNA Total necessária para a preparação das bibliotecas é de 3 ug;

- No caso de iniciar a preparação das bibliotecas utilizando mRNA, o mesmo deverá ser obtido a partir de 1 a 4 ug de RNA Total.

- O RNA deve estar íntegro apresentando um valor de integridade > 8 (RIN Bioanalyzer);

- O fracionamento do RNA no Bioanalyzer faz parte do processo de avaliação de qualidade incluído no serviço.

Corrida MiSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 250 bp.

Corrida MiSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 300 bp.

O RNA total ou mRNA deverá estar na concentração aproximada de 10ng/ul.

Cada chip tem a capacidade máxima de 11 amostras.

Caso o número de amostras seja menor que a capacidade do kit e o usuário não puder esperar outras amostras para completar o chip, será cobrado o valor integral do chip (11 amostras).

O equipamento tem capacidade de leitura de 1 amostra por vez.

Serão necessários 3,0 ul de amostra para a quantificação.

A leitura dos padrões será realizada por blocos de amostras a serem quantificadas.

A biblioteca de DNA ou RNA deverá estar na concentração aproximada de 30ng/ul.

Cada chip tem a capacidade máxima de 12 amostras.

Caso o número de amostras seja menor que a capacidade do kit e o usuário não puder esperar outras amostras para completar o chip, será cobrado o valor integral do chip (12 amostras).

A biblioteca de DNA ou RNA deverá estar na concentração aproximada de 5ng/ul.

Cada chip tem a capacidade máxima de 11 amostras.

Caso o número de amostras seja menor que a capacidade do kit e o usuário não puder esperar outras amostras para completar o chip, será cobrado o valor integral do chip (11 amostras).

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit Nextera DNA Flex envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (Bioanalyzer 1000) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de 500ng;

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas grandes e complexos é de 1ug;

- A integridade do gDNA deve ser registrada através de gel de agarose e encaminhada para avaliação.

Leitura no equipamento Illumina MiSeq de bibliotecas prontas e quantificadas. O usuário deve ter aplicado as bibliotecas no cartucho, adquirido pelo próprio usuário ou pela plataforma com preço prévio sob consulta.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit Nextera DNA Flex envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (TapeStation 1000) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de 500ng;

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas grandes e complexos é de 1ug;

- A integridade do gDNA deve ser registrada através de gel de agarose e encaminhada para avaliação.

O usuário deve entregar o produto amplificado com iniciadores específicos para a região de interesse acoplados à sequência do adaptador Illumina como descrito abaixo:

Forward overhang: 5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG?[locusspecific sequence]

Reverse overhang: 5’ GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG?[locusspecific sequence]

Este serviço necessita ser previamente combinado com a plataforma.

Condição de amostras: DNA, RNA ou amplicons purifcados e eluídos em água ultra pura. A massa necessária será definida de acordo com o protocolo definido.

Corrida MiSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 75 bp.

Corrida MiSeq contendo de 1 a 96 amostras.

Paired-end 2 x 250 bp.

Corrida MiSeq contendo de 1 a 384 amostras.

Paired-end 2 x 300 bp.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit Nextera XT envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (TapeStation) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de 1ng.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o Ion AmpliSeq envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (qPCR) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de 2 a 100ng;

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o Ion Xpress Plus gDNA envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (qPCR) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de  100 a 1000ng; em água ultra pura.

Este serviço necessita ser previamente combinado com a plataforma.

Codição de amsotras: DNA, RNA ou amplicons purifcados e eluídos em água ultra pura. A massa necessária será definida de acordo com o protocolo definido.

Corrida MiSeq contendo de 1 a 384 amostras.

Paired-end 2 x 150 bp.

Solicitação precisa ser realizada com no mínimo de 72h de antecendência. 

A biblioteca de DNA ou RNA deverá estar na concentração aproximada de 30ng/ul.

RNA total para verificação de integridade deverá estar na concentração de 1 a 500ng/ul.

Para kits de alta sensibilidade, a  biblioteca de DNA ou RNA deverá estar na concentração aproximada de 5ng/ul.

Cada tape tem a capacidade máxima de 16 amostras.

Solicitação precisa ser realizada com no mínimo de 72h de antecendência. 

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit Nextera XT envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (TapeStation) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de 1ng.

O processo de preparação de bibliotecas utilizando o kit Nextera DNA Flex envolve a quantificação das amostras (Qubit), construção das bibliotecas, quantificação das bibliotecas (Qubit), qualificação das bibliotecas (TapeStation 1000) e agrupamento das bibliotecas para o sequenciamento. O sequenciamento é um serviço a parte e não está incluído neste processo.

O material biológico deve obedecer as seguintes condições:

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas pequenos é de 500ng;

- A massa de gDNA íntegro necessária para genomas grandes e complexos é de 1ug;

- A integridade do gDNA deve ser registrada através de gel de agarose e encaminhada para avaliação.

O usuário deve entregar o produto amplificado com iniciadores específicos para a região de interesse acoplados à sequência do adaptador Illumina como descrito abaixo:

Forward overhang: 5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG?[locusspecific sequence]

Reverse overhang: 5’ GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG?[locusspecific sequence]

O equipamento consiste em um fluorômetro que detecta marcadores fluorescentes que são específicos a alvos moleculares (DNA, RNA). De análise rápida, possui capacidade de leitura de 1 amostra por vez. Serão necessários 3,0 ul de amostra para a quantificação. A leitura dos padrões (controles) deve ser realizada por blocos de amostras a serem quantificadas. Esse serviço é oferecido para usuários que possuem o reagente para a realização do ensaio.

O equipamento consiste em um fluorômetro que detecta marcadores fluorescentes que são específicos a alvos moleculares (DNA, RNA e Proteína). De análise rápida, possui capacidade de leitura de 1 amostra por vez. Serão necessários 3,0 ul de amostra para a quantificação. A leitura dos padrões (controles) deve ser realizada por blocos de amostras a serem quantificadas. Esse serviço é oferecido para usuários que não possuem o reagente para a realização do ensaio.